孟德?tīng)栠z傳病是新生兒出生缺陷的重要原因之一.對(duì)于,這些疾病的診斷通?；趦和牟“Y、表型特點(diǎn)進(jìn)行臨床判斷,同時(shí)通過(guò)細(xì)胞、分子檢測(cè)手段確認(rèn)染色體水平的結(jié)構(gòu)變異或基因水平的突變進(jìn)行病因確認(rèn).傳統(tǒng)的細(xì)胞或分子診斷方法包括核型分析、芯片分析、目標(biāo)基因的一代Sanger測(cè)序等,而隨著二代測(cè)序的發(fā)展,高通量測(cè)序在疾病病因?qū)ふ抑兄鸩斤@示出巨大的潛力.

    二代測(cè)序方法中全基因組測(cè)序、外顯組測(cè)序和定向基因測(cè)序是最為常用的方法,各種方法各有其優(yōu)勢(shì).全基因組測(cè)序覆蓋了最廣泛的區(qū)域,可以檢測(cè)非編碼區(qū)的突變,但測(cè)序量要求大,費(fèi)用高,測(cè)序平均深度低,發(fā)現(xiàn)的突變的置信度可能下降.疾病相關(guān)基因的定向測(cè)序所需的測(cè)序量最少,獲得的測(cè)序深度最大,但不適合用于罕見(jiàn)的、或者相關(guān)疾病基因研究不成熟的遺傳病.而外顯子組測(cè)序相比全基因組測(cè)序降低測(cè)序量,提高測(cè)序深度,使得突變的發(fā)現(xiàn)更加可靠,而針對(duì)所有編碼區(qū)域、部分表達(dá)調(diào)控、microRNA測(cè)序等全面的檢測(cè),相比定向基因測(cè)序更加全面,因而在目前來(lái)看在疾病病因診斷中的應(yīng)用更廣.

    最近在新英格蘭發(fā)表的一篇文章1中利用NimbleGen SeqCap VCRome外顯子組捕獲對(duì)250個(gè)先天性發(fā)育異常的兒童進(jìn)行外顯子組測(cè)序,以確定其患病的遺傳機(jī)制,在25%的病人中發(fā)現(xiàn)82個(gè)高可疑的致病性突變.其中,33個(gè)病人為常染色體顯性遺傳,16個(gè)病人為常染色體隱特性遺傳,9個(gè)病人為X染色體遺傳疾.另外的4個(gè)病人被診斷出同時(shí)攜帶兩種不同疾病的致病基因突變,提示通過(guò)家族病史、身體檢查的診斷結(jié)果可能存在錯(cuò)誤.該文獻(xiàn)詳細(xì)介紹了實(shí)驗(yàn)方法、分析篩選和出具報(bào)告的過(guò)程,可供參考.

    作者認(rèn)為相比核型分型、芯片、一代Sanger測(cè)序來(lái)說(shuō)這種外顯子捕獲測(cè)序方法的遺傳性病因檢出率更高,更接近正確的診斷結(jié)果,而從時(shí)間和成本上來(lái)說(shuō)又比其它檢測(cè)要低.有些結(jié)果雖然還需要后期實(shí)驗(yàn)跟蹤驗(yàn)證,但是仍然不影響這種方法成為臨床使用的診斷方案.

    在今年早些時(shí)間發(fā)表的另一篇文獻(xiàn)2中,使用了同一個(gè)NimbleGen SeqCap VCRome外顯子組捕獲試劑進(jìn)行遺傳病的突變檢測(cè).此文中,作者對(duì)于進(jìn)行性神經(jīng)性腓骨肌萎縮癥(Charcot-Marie-Tooth neuropathy)家族的病人同時(shí)進(jìn)行了全基因組及全外顯子組測(cè)序,外顯子組測(cè)序確認(rèn)了SH3TC2 基因在該疾病的致病性作用,并表明目前的疾病突變數(shù)據(jù)庫(kù)可能存在錯(cuò)誤,而個(gè)體的基因組結(jié)構(gòu)改變可能影響基因變異的最終功能.文章比較了全基因組及全外顯子組測(cè)序發(fā)現(xiàn)的基因變異的差異,指出外顯子組測(cè)序通過(guò)提高測(cè)序深度,可以解析全基因組測(cè)序發(fā)現(xiàn)的一些模棱兩可的結(jié)果,發(fā)現(xiàn)更多有臨床意義的突變.