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sncRNA可能是癌癥的征兆

2014-02-20 10:52 閱讀:1898 來(lái)源:生物通 作者:江* 責(zé)任編輯:江帆
[導(dǎo)讀] 特定類(lèi)型的非編碼RNA的水平差異,可以用來(lái)區(qū)分癌組織和非癌組織,還可以把癌癥患者分成具有不同生存結(jié)果的亞組。

  目前,癌癥基因組圖譜計(jì)劃(The Cancer Genome Atlas,TCGA)的研究人員得出結(jié)論:小分子非編碼RNA(small non-coding RNAs,sncRNAs)可以用來(lái)預(yù)測(cè)一個(gè)人是否患有乳腺癌。這項(xiàng)研究成果發(fā)表在2014年2月17日的國(guó)際知名雜志《EMBO reports》上,表明特定類(lèi)型的非編碼RNA的水平差異,可以用來(lái)區(qū)分癌組織和非癌組織,還可以把癌癥患者分成具有不同生存結(jié)果的亞組。

  sncRNAs是細(xì)胞內(nèi)不產(chǎn)生蛋白質(zhì)、但具有其它重要功能的RNA分子。本研究的共同第一作者、加拿大西蒙弗雷澤大學(xué)和不列顛哥倫比亞大學(xué)的教授、BC癌癥機(jī)構(gòu)(BC Cancer Agency)的杰出科學(xué)家Steven Jones解釋說(shuō):“多年來(lái),靠近轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)的sncRNAs因其明顯的無(wú)序分布,及其與已知功能或疾病之間的相關(guān)性,一直被視為‘轉(zhuǎn)錄噪音(transc**tional noise)’。通過(guò)利用一種計(jì)算機(jī)方法來(lái)分析小RNA序列信息,我們可以濾過(guò)這些‘噪音’,找到臨床上有用的信息。我們的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)表明,位于蛋白編碼基因第一外顯子中的sncRNAs,其表達(dá)水平上的全基因組變化與乳腺癌有關(guān)聯(lián)。”

  這些科學(xué)家,能夠?qū)⒔】等撕腿橄侔┗颊撸ㄔ谶@個(gè)例子中是乳腺浸潤(rùn)性癌)基因轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)附近發(fā)現(xiàn)的很多不同的sncRNAs區(qū)分開(kāi)來(lái)。他們將這些RNA分子定位到DNA序列上的特定位置,并尋找強(qiáng)烈表達(dá)的非編碼RNA與患者(從他們身上分離組織樣本)疾病狀態(tài)之間的相關(guān)性。然后,研究人員檢測(cè)了“是否能夠用他們可識(shí)別的基因組位置中的小RNA的表達(dá),來(lái)預(yù)測(cè)另外一組已知患乳腺癌患者的分離組織樣本中存在病變”。這個(gè)檢測(cè)有效地預(yù)測(cè)了新樣本組中的正確疾病狀態(tài)。本文的共同第一作者Athanasios Zovoilis說(shuō):“對(duì)癌癥狀態(tài)的預(yù)測(cè)潛力,僅限于基因轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)附近發(fā)現(xiàn)的許多sncRNA的一小部分。更重要的是,這些RNA位置富含CpG島(CpG islands)。”CpG島是包含高頻率胞嘧啶和鳥(niǎo)嘌呤的基因組區(qū)域。這些RNA存在于這些島中,可能影響它們參與DNA甲基化過(guò)程及疾病的發(fā)生,但是還需要進(jìn)一步的實(shí)驗(yàn)來(lái)探索和證明這種關(guān)聯(lián)性。

  Jones指出:“這是第一次表明,基因轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)附近的sncRNA與疾病有關(guān)。當(dāng)然,還需要進(jìn)一步的研究工作,但根據(jù)我們的數(shù)據(jù),我們認(rèn)為這些sncRNA具有作為一種癌癥預(yù)測(cè)工具的相當(dāng)大的診斷潛力。此外,這些sncRNA可以幫助我們?cè)诒碛^遺傳學(xué)水平上更好地理解腫瘤發(fā)生的機(jī)制,并可產(chǎn)生利用sncRNA的新藥。”研究人員還指出,這類(lèi)sncRNA,可能對(duì)預(yù)測(cè)其它類(lèi)型癌癥或疾病的存在也非常有用。

  現(xiàn)在,癌癥基因組圖譜計(jì)劃產(chǎn)生的數(shù)據(jù),可讓我們更容易獲得大量患病組織和正常組織的序列信息,使這樣的研究工作得以進(jìn)行。目前,癌癥基因組圖譜計(jì)劃是現(xiàn)有最大的sncRNA資源之一。


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