【PDF】生物信息學(xué)與功能基因組學(xué)-電子書下載 - 醫(yī)學(xué)資源下載
資源作者：gogoyingying
資源分類：醫(yī)學(xué) - 基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)
資源屬性：電子書
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上傳日期：2013-04-11 00:00:02

生物信息學(xué)與功能基因組學(xué)-電子書下載 作者：（美）喬納森·佩夫斯納 出版社：化學(xué)工業(yè)出版社 出版日期：2006-06 ISBN：9787502583835 版次：1 頁數(shù)：706 字?jǐn)?shù)： 開本：16開 包裝：平裝 生物信息學(xué)與功能基因組學(xué)-電子書下載 翻開《生物信息學(xué)與功能基因組學(xué)》，您將會情不自禁地沉浸于其中……《生物信息學(xué)與功能基因組學(xué)》內(nèi)容全面，很好地將生物信息學(xué)與功能基因組學(xué)的理論和實踐應(yīng)用結(jié)合起來，非常重視生物信息學(xué)的具體應(yīng)用技巧。另外，《生物信息學(xué)與功能基因組學(xué)》還具有如下特色：作者權(quán)威?！渡镄畔W(xué)與功能基因組學(xué)》作者是霍普金斯醫(yī)學(xué)院教授，在國際上有很高的聲譽和權(quán)威性。實踐性強。每一章都有問題集、與生物信息學(xué)有關(guān)的web操作訓(xùn)練以及相應(yīng)的web鏈接，還列出了可以免費獲取的生物信息學(xué)軟件和作者推薦的讀物。范例典型。 編輯推薦 《生物信息學(xué)與功能基因組學(xué)》從頭到尾都用一個基因和它的蛋白產(chǎn)物作為例子進行講解。這個蛋白是視黃醇結(jié)合蛋白(retinol-binding protein，RBP)。圖文并茂?！渡镄畔W(xué)與功能基因組學(xué)》在論述的同時配以大量的圖片，直觀、形象、通俗易懂。 目錄 第1篇　數(shù)據(jù)庫中的DNA、RNA和蛋白質(zhì)序列的分析生物信息學(xué)與功能基因組學(xué)-電子書下載 第1章　緒言 1.1本書的結(jié)構(gòu) 1.2生物信息學(xué)：藍圖 1.3一個貫穿本書的例子：視黃醇結(jié)合蛋白 1.4章節(jié)的組織 1.5對學(xué)生和教師的建議：Web練習(xí)和找基因 1.6重要的生物信息學(xué)網(wǎng)址 1.7推薦讀物 參考文獻 第2章　獲取序列數(shù)據(jù)和文獻信息 2.1生物學(xué)數(shù)據(jù)庫介紹 2.2GenBank：收錄幾乎所有已知的核酸和蛋白質(zhì)序列的數(shù)據(jù)庫 2.2.1序列數(shù)據(jù)的總量 2.2.2GenBank中的物種數(shù) 2.2.3GenBank存儲的數(shù)據(jù)類型 2.2.4表達序列標(biāo)簽 (ESTs) 2.2.5序列標(biāo)簽位點 (STS) 2.2.6基因組測序序列 (GSSs) 2.2.7高通量基因組序列 (HTGS) 2.3美國國家生物技術(shù)信息中心 (NCBI) 2.3.1NCBI的介紹：NCBI的主頁 2.3.2索引號碼：識別序列的標(biāo)簽 2.3.3五種獲取DNA和蛋白質(zhì)序列的方法 2.3.4如何進入序列數(shù)據(jù)的例子：HIV pol 2.3.5獲取生物醫(yī)學(xué)文獻 2.4展望 2.5常見問題 2.6網(wǎng)絡(luò)資源生物信息學(xué)與功能基因組學(xué)-電子書下載 2.7討論題 2.8習(xí)題 2.9自測題 2.10推薦讀物 參考文獻 第3章　雙序列比對 3.1引言 3.1.1蛋白質(zhì)比對：通常比DNA比對具有更豐富的信息 3.1.2同源性、相似性、一致性的概念 3.1.3間隙 3.1.4雙序列比對、同源和生命的進化 3.2Dayhoff模型：可接受點突變 3.2.1PAM1矩陣 3.2.2PAM250和其他PAM矩陣 3.2.3從突變概率矩陣到對數(shù)比值打分矩陣 3.2.4雙序列比對中PAM矩陣的實際有用性 3.2.5PAM矩陣的重要替代者：BLOSUM打分矩陣 3.2.6雙序列比對和檢測限度 3.3比對算法：全局和局部 3.3.1全局序列比對：Needleman?Wunsch算法 3.3.2局部序列比對：Smith?Waterman算法 3.3.3Smith?Waterman算法的快速、啟發(fā)式版本：FASTA和BLAST 3.3.4局部比對搜索工具 (BLAST) 3.4雙序列比對的顯著性：一致性百分比 3.4.1雙序列比對統(tǒng)計顯著性檢驗 3.4.2全局比對的統(tǒng)計顯著性 3.4.3局部比對的統(tǒng)計顯著性 3.5展望 3.6常見問題 3.7網(wǎng)絡(luò)資源 3.8問題討論 3.9問題 3.10自測題 3.11推薦讀物生物信息學(xué)與功能基因組學(xué)-電子書下載 參考文獻 第4章　局部比對搜索基本工具BLAST 4.1引言 4.2BLAST搜索步驟 4.2.1步驟1：選定感興趣的序列 4.2.2步驟2：選擇BLAST程序 4.2.3步驟3：選擇數(shù)據(jù)庫 4.2.4步驟4：選擇參數(shù) 4.3BLAST算法使用局部比對搜索的策略 4.3.1BLAST算法組成部分：列表、掃描、延伸 4.3.2BLAST算法：局部比對搜索的統(tǒng)計學(xué)和 E值 4.3.3用比特分?jǐn)?shù)來說明原始分?jǐn)?shù)的意義 4.3.4BLAST算法：E值與 P值間的關(guān)系 4.3.5BLAST中的空位比對 4.3.6將BLAST搜索進行到底 4.4BLAST搜索的一些策略 4.4.1一般性概念 4.4.2BLAST搜索的原則 4.5多結(jié)構(gòu)域蛋白 (HIV?1 pol) 的BLAST檢索 4.6BLAST檢索脂質(zhì)運載蛋白：改變打分矩陣的作用 4.7展望 4.8常見問題 4.9網(wǎng)絡(luò)資源 4.10討論題 4.11問題 4.12自測題 4.13推薦讀物 參考文獻 第5章　高級比對搜索 5.1引言生物信息學(xué)與功能基因組學(xué)-電子書下載 5.2專門的Blast比對網(wǎng)站 5.2.1基于某些具體生物的比對網(wǎng)站 5.2.2特定分子的比對搜索站點 5.2.3專門的比對搜索服務(wù)器以及比對相關(guān)的算法 5.3運用比對相似的工具快速地搜索基因組DNA序列 5.4尋找遠緣相關(guān)的蛋白質(zhì)：位點特異性反復(fù)比對 (PSI?BLAST) 5.4.1位點特異性反復(fù)比對的結(jié)果評估 5.4.2位點特異性反復(fù)比對的錯誤：破壞的問題 5.5模式識別BLAST (PHI?BLAST) 5.6用BLAST來發(fā)現(xiàn)新基因 5.7展望 5.8常見問題 5.9網(wǎng)絡(luò)資源 5.10問題討論 5.11問題 5.12自測題 5.13推薦讀物 參考文獻 第2篇　RNA和蛋白質(zhì)的基因組層次上的分析 第6章　基因表達的生物信息學(xué)方法 6.1引言 6.2mRNA：基因表達的研究對象 6.3cDNA文庫的基因表達分析 6.3.1用cDNA文庫解釋表達數(shù)據(jù)的注意事項 6.3.2TIGR基因索引 6.4基因表達系列分析 6.5微陣列：基因表達的全基因組測量 6.5.1第一階段：微陣列的實驗設(shè)計 6.5.2第二階段：RNA的制備與探針制備 6.5.3第三階段：將標(biāo)記后的樣本和DNA微陣列雜交 6.5.4第四階段：圖像分析 6.5.5第五階段：數(shù)據(jù)分析 6.5.6第六階段：生物學(xué)證實 6.5.7第七階段：微陣列數(shù)據(jù)庫 6.5.8第八階段：深入分析 6.6展望 6.7常見問題 6.8網(wǎng)絡(luò)資源 6.9問題討論 6.10習(xí)題 6.11自測題 6.12推薦讀物 參考文獻 第7章　基因表達：芯片數(shù)據(jù)分析 7.1引言 7.2芯片數(shù)據(jù)分析：預(yù)處理 7.2.1全局歸一化 7.2.2散點分析 7.2.3數(shù)據(jù)全局歸一化中的局部歸一化 7.3芯片數(shù)據(jù)分析：推測統(tǒng)計學(xué)方法 7.4芯片數(shù)據(jù)分析：記述統(tǒng)計學(xué)方法 7.4.1芯片數(shù)據(jù)的層級聚類分析 7.4.2分離方法用于聚類：k均值聚類 7.4.3聚類策略：自組織圖 7.4.4主成分分析算法：芯片數(shù)據(jù)的觀察算法 7.4.5監(jiān)督算法對芯片實驗中基因或樣本數(shù)據(jù)的分類 7.4.6芯片數(shù)據(jù)注釋 7.5展望 7.6常見問題 7.7網(wǎng)絡(luò)資源 7.8問題討論 7.9問題 7.10自測題 7.11推薦讀物 參考文獻 第8章　蛋白質(zhì)分析和蛋白質(zhì)組學(xué) 8.1引言 8.2如何認(rèn)識蛋白質(zhì)：從四個視角看蛋白質(zhì) 8.2.1視角1.結(jié)構(gòu)域和模體：蛋白質(zhì)的模塊性質(zhì) 8.2.2多結(jié)構(gòu)域蛋白的復(fù)雜性 8.2.3蛋白質(zhì)模式：模體或蛋白質(zhì)的指紋特征 8.2.4視角2.蛋白質(zhì)的物理性質(zhì) 8.2.5視角3和視角4的介紹：Gene Ontology協(xié)會 8.2.6視角3.蛋白質(zhì)定位 8.2.7視角4.蛋白質(zhì)的功能 8.3蛋白質(zhì)組學(xué)：對高通量蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)進行分析的生物信息學(xué)工具和方法 8.3.1二維凝膠電泳 8.3.2親和層析和質(zhì)譜 8.3.3酵母雙雜交系統(tǒng) 8.3.4Rosetta Stone方法 8.4分析細(xì)胞通路的生物信息學(xué)方法 8.5展望 8.6常見問題 8.7網(wǎng)絡(luò)資源 8.8問題討論 8.9問題 8.10自測題 8.11推薦讀物 參考文獻 第9章　蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu) 9.1蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與結(jié)構(gòu)基因組學(xué)概要 9.1.1蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)，同源和功能基因組學(xué) 9.1.2結(jié)構(gòu)基因組學(xué)提出的問題：載脂蛋白家族 9.1.3蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的基本原理：從一級結(jié)構(gòu)到二級結(jié)構(gòu) 9.1.4蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)：蛋白質(zhì)折疊問題 9.1.5獲得蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的實驗手段 9.1.6選擇目標(biāo)與獲得蛋白質(zhì)的三維構(gòu)象 9.2PDB數(shù)據(jù)庫 9.2.1在NCBI訪問PDB記錄 9.2.2蛋白折疊類型概況 9.3用于結(jié)構(gòu)研究的計算生物學(xué)方法 9.3.1同源 (比較) 模建 9.3.2從頭預(yù)測 9.4蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測和蛋白質(zhì)折疊空間的界限 9.5蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與疾病 9.6展望 9.7常見問題 9.8網(wǎng)絡(luò)資源 9.9問題討論 9.10問題 9.11自測題 9.12推薦讀物 參考文獻 第10　章多序列比對 10.1引言 10.1.1多序列比對的定義 10.1.2多序列比對的典型應(yīng)用和實際策略 10.1.3Feng和Doolittle的漸進比對方法 10.1.4從多序列比對到隱馬模型 10.2兩種多序列比對的程序 10.2.1多序列比對的數(shù)據(jù)庫 10.2.2由用戶產(chǎn)生的多序列比對 10.2.3其他多序列比對軟件 10.2.4多重比對算法的評估 10.3展望 10.4常見問題 10.5網(wǎng)絡(luò)資源 10.6問題討論 10.7問題 10.8自測題 10.9推薦讀物 參考文獻 第11章　分子水平的系統(tǒng)發(fā)生和進化 11.1分子水平的進化介紹 11.1.1歷史背景 11.1.2分子時鐘假說 11.1.3分子進化中的“不確定性理論” 11.1.4分子系統(tǒng)演化的目標(biāo) 11.2分子系統(tǒng)發(fā)生：系統(tǒng)發(fā)生樹相關(guān)專用名詞 11.2.1樹根 11.2.2枚舉樹 11.2.3物種樹和基因/蛋白質(zhì)樹 11.3系統(tǒng)發(fā)生分析的4個步驟 11.3.1第一步：利用DNA、RNA或蛋白質(zhì)序列來進行分子系統(tǒng)發(fā)生分析 11.3.2第二步：多重序列比對 11.3.3第三步：構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)生樹的方法 11.3.4第四步：用隨機測試和引導(dǎo)檢測的方法評估進化樹 11.4展望 11.5常見問題 11.6網(wǎng)絡(luò)資源 11.7問題討論 11.8問題 11.9自測題 11.10推薦讀物 參考文獻 第3篇　基因組分析 第12章　全基因組和系統(tǒng)發(fā)生樹 12.1引言 12.2系統(tǒng)分類學(xué)簡史 12.3地球上生命形式的生物發(fā)展史 12.4系統(tǒng)發(fā)生樹的分子序列基礎(chǔ) 12.5生物信息學(xué)在系統(tǒng)分類學(xué)中的角色 12.6基因組測序計劃 12.7基因組測序計劃的簡要年表 12.7.1總覽：1977年～現(xiàn)在 12.7.2第一個病毒基因組 (1977年) 12.7.3第一個真核細(xì)胞器基因組 (1981年) 12.7.4第一個葉綠體基因組 (1986年) 12.7.5第一個真核染色體 (1992年) 12.7.6獨立生存的生物體的全基因組 (1995年) 12.7.7第一個真核基因組 (1996年) 12.7.8更多的細(xì)菌和古細(xì)菌 (1997年) 12.7.9第一個多細(xì)胞生物的基因組 (1998年) 12.7.10人類染色體 (1999年) 12.7.11蠅、植物和人類21號染色體 (2000年) 12.7.12人類基因組序列的草圖 (2001年) 12.7.13基因組測序的不斷完成 (2002年) 12.8基因組分析總覽 12.8.1選擇用

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