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Nature子刊:測(cè)序循環(huán)腫瘤細(xì)胞的外顯子組

2014-05-06 19:27 閱讀:1446 來(lái)源:生物通 責(zé)任編輯:潘樂(lè)樂(lè)
[導(dǎo)讀] 科學(xué)家們首次對(duì)循環(huán)腫瘤細(xì)胞(CTC)進(jìn)行了單細(xì)胞外顯子組測(cè)序,這樣的技術(shù)可以為人們展示腫瘤演化、轉(zhuǎn)移和應(yīng)答藥物的具體過(guò)程。

    科學(xué)家們首次對(duì)循環(huán)腫瘤細(xì)胞(CTC)進(jìn)行了單細(xì)胞外顯子組測(cè)序,這樣的技術(shù)可以為人們展示腫瘤演化、轉(zhuǎn)移和應(yīng)答藥物的具體過(guò)程。

    前列腺腫瘤很容易轉(zhuǎn)移到骨組織,而這樣的轉(zhuǎn)移很難用傳統(tǒng)方法進(jìn)行檢測(cè)。這個(gè)問(wèn)題大大影響了醫(yī)生們對(duì)癌癥的監(jiān)控和治療?,F(xiàn)在一項(xiàng)新研究指出,只需要簡(jiǎn)單抽血就可以解決這個(gè)問(wèn)題,監(jiān)控腫瘤的演化和轉(zhuǎn)移。

    Broad研究所的科學(xué)家們?cè)贜ature Biotechnology雜志上發(fā)表文章,描述了一個(gè)模塊化的新技術(shù)平臺(tái)。該平臺(tái)可以收集前列腺癌患者血液中的循環(huán)腫瘤細(xì)胞(CTC),并對(duì)其進(jìn)行外顯子組測(cè)序和分析。這一技術(shù)可以揭示高度可信的單核苷酸突變,幫助人們追蹤腫瘤的演化、引導(dǎo)對(duì)腫瘤的治療、監(jiān)控腫瘤的復(fù)發(fā),

    上述一平臺(tái)由幾個(gè)部分組成,首先研究人員使用Illumina的MagSweeper技術(shù),從患者血液中富集EpCAM陽(yáng)性的細(xì)胞,EpCAM是促進(jìn)腫瘤形成的蛋白。然后,研究人員通過(guò)自己開(kāi)發(fā)的方法,將這些細(xì)胞一一分配到小孔中,并通過(guò)成像技術(shù)檢測(cè)特定標(biāo)記的表達(dá)。最后他們收集符合要求的細(xì)胞,進(jìn)行細(xì)胞裂解,全基因組擴(kuò)增和文庫(kù)制備。

    研究人員先對(duì)文庫(kù)進(jìn)行低覆蓋度測(cè)序,以評(píng)估基因組的質(zhì)量。然后他們?cè)賹?duì)符合要求的進(jìn)行高覆蓋度的外顯子組測(cè)序。由于之前還沒(méi)有完成過(guò)單個(gè)CTC的外顯子組測(cè)序,研究團(tuán)隊(duì)采用了“census”方案來(lái)檢出序列突變。如果在同一個(gè)體的三個(gè)CTC文庫(kù)中都出現(xiàn)了特定突變,這一突變就被認(rèn)為是真實(shí)可信的。

    “將許多細(xì)胞結(jié)合起來(lái),就可以獲得精確的目標(biāo)序列(超過(guò)99.995%),”Boehm說(shuō)。

    研究團(tuán)隊(duì)通過(guò)上述方案,研究了患者CTC與原發(fā)瘤和轉(zhuǎn)移瘤之間的關(guān)聯(lián)。研究顯示,在CTC中鑒定到的73個(gè)變異中,有51個(gè)也出現(xiàn)在原發(fā)瘤或轉(zhuǎn)移瘤。

    這樣的數(shù)據(jù)可以為人們展示腫瘤的演化、CTC的來(lái)源、以及藥物治療的效果,Love說(shuō)。通過(guò)驗(yàn)血監(jiān)控CTC基因組,可以揭示抗性指標(biāo)的出現(xiàn),以及腫瘤復(fù)發(fā)的風(fēng)險(xiǎn)。人們也可能在監(jiān)控時(shí)發(fā)現(xiàn)可以用藥物控制的突變,為醫(yī)生們提供新的治療途徑。

    據(jù)Boehm介紹,這種平臺(tái)的模塊化設(shè)計(jì)意味著,理論上只需要簡(jiǎn)單改變某個(gè)模塊就可以將其應(yīng)用于任何類(lèi)型的腫瘤。舉例來(lái)說(shuō),可以根據(jù)不同的指標(biāo)修改富集策略。“模塊化和靈活性使這一平臺(tái)有著廣闊的應(yīng)用前景。”

    麻省總醫(yī)院的Daniel Haber強(qiáng)調(diào),通過(guò)血樣對(duì)治療效果、腫瘤復(fù)發(fā)和抗性進(jìn)行監(jiān)控,能夠?yàn)槎喾N癌癥的提供幫助。此外“將這項(xiàng)研究中的技術(shù)應(yīng)用到EpCAM陰性CTC,將是很有意思的嘗試”他說(shuō)。


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