中醫(yī)學在其形成發(fā)展的歷史過程中，融合了大量的中國傳統(tǒng)文化的內(nèi)容，許多哲學流派、經(jīng)學流派，無不在中醫(yī)學的歷史上留下痕跡；中醫(yī)學形成和發(fā)展，處于宏觀認識客觀事物的知識背景和氛圍、故只能呈現(xiàn)宏觀優(yōu)勢和微觀劣勢；中醫(yī)學的臨床療效與醫(yī)生個人的思維技巧及能力密切相關；中、西醫(yī)藥的認識研究方法不同，形成了醫(yī)學藥學的兩大流派。

    認識基礎不同

    中醫(yī)是建立在形象思維基礎之上，像“象形文字”一樣，采用“三維空間”思維，上至宏觀天體運行、地理環(huán)境（**，五運六氣學說）；中至人體系統(tǒng)（臟腑等學說）；下至微觀“宇宙統(tǒng)一場”“人體生物場”（五運六氣，經(jīng)絡學說），利用人體的直覺、體驗找出三個系統(tǒng)之間的內(nèi)在聯(lián)系，并在此基礎上建立了防病治病學說。

    西醫(yī)發(fā)展建立在形式邏輯基礎之上，采用“二維空間”思維，利用抽象思維和試驗，建立了對人體局部功能，病因和治療方法的認識。

    觀察方法不同

    中藥則是通過人體直接“感悟”，對“宇宙統(tǒng)一場”“人體生物場”及微觀物質“氣”有所認識，并建立了與宏觀天體、人體有形系統(tǒng)、動植物等藥物在內(nèi)聯(lián)系基礎上的經(jīng)驗總結。西醫(yī)藥是利用解剖、分解、分析等方法在顯微鏡下觀察微觀物質的經(jīng)驗總結。

    中西藥功效認識途徑不同

    中藥是“神農(nóng)嘗百草”開始的，不僅體驗對局部疾病療效的認識，也體驗了對人體整體陰陽平衡的作用，建立既考慮局部治療功效，又考慮整體平衡的“君臣佐使”的中醫(yī)藥理論體系。

    而西藥功效是從實驗室開始通過動物試驗，臨床觀察取得對局部疾病治療作用的認識。

    中西醫(yī)藥認識過程不同

    中醫(yī)發(fā)展強調“無為”，盡量不用主觀影響客觀。是一個從客觀經(jīng)驗累積到主觀結論總結的過程。西醫(yī)發(fā)展是與西方科學技術發(fā)展同步的，是先設立“假說”，通過推理、試驗、驗證“假說”成立，得出結論，是一個從主觀判斷到客觀檢驗的過程。