今天，深圳華大基因研究院稱，由他們和德國漢堡大學醫(yī)學院、中國疾病預防與控制中心及軍事醫(yī)學科學院微生物流行病研究所聯(lián)合研究揭示，德國疫情是由一種新型具有超級毒性的大腸桿菌引起的，該新型菌株攜帶多種耐抗生素的特異基因，致使其難以治療。

    據(jù)德國衛(wèi)計委公布的數(shù)據(jù)，這場大腸桿菌疫情至今已導致17人喪生，歐洲已有超過千人受到感染，并且疫情有可能會進一步惡化。

    德國大腸桿菌疫情暴發(fā)之后，華大基因立即建立聯(lián)系開展合作，自發(fā)地加入到這場疾病的研究中，成立專門研究小組對該細菌進行測序和生物信息學分析，以便盡快尋找到致病機理，研發(fā)有針對性的治療措施并有效地控制疫情的蔓延。在獲得病毒樣本后三天的時間內(nèi)，華大基因完成了對該新型大腸桿菌的基因組測序。經(jīng)過初步信息分析，發(fā)現(xiàn)該菌株是一種新的兼具侵襲、產(chǎn)毒、腸出血等特征的大腸桿菌。

    華大基因利用第三代測序儀——Ion Torrent進行了該大腸桿菌的全基因組測序，初步組裝結果預測的菌株基因組大小為5.2Mb。通過對序列的分析發(fā)現(xiàn)該菌株屬于血清型O104，但O104型大腸桿菌以前未見引起人類感染大規(guī)模暴發(fā)的報道。通過進一步比對分析發(fā)現(xiàn)該菌株與2002年從中非艾滋病患者腹瀉標本中分離的腸侵襲性大腸桿菌55989菌株的同源性超過93%。根據(jù)對基因序列的分析結果顯示，導致疫情暴發(fā)的菌株通過基因水平轉移獲得了腸出血性大腸桿菌的毒力基因和毒力相關質粒，可能與該菌株強毒性和重癥感染有關。研究還發(fā)現(xiàn)，該菌株攜帶氨基糖甙類、大環(huán)內(nèi)酯類、磺胺類等抗生素的耐藥基因，導致抗生素治療無效?？茖W家們還將進一步分析這些毒力相關基因的完整性和表達情況，及耐藥和毒力基因水平轉移機制，并在更多暴發(fā)菌株中進行驗證。